آیت‌الله حاج شیخ محمد صدوقی فرزند میرزا ابوطالب در سال ۱۳۲۸ در خانواده ای روحانی و دینی در یزد متولد شد و در کودکی پدر و مادر خود را از دست داد و تحت سرپرستی پسر عموی خود میرزا محمد کرمانشاهی تربیت یافت و در ۱۳ سالگی به تحصیل علوم دینی روی آورد.
این شهید بزرگوار با ورود به مدرسه علمیه عبدالرحیم خان، مقدمات منطق و بخشی از سطوح فقه و اصول را نزد حضرات آیات و حجج اسلام سیدعلی محمد کازرونی،حاج شیخ غلامرضا فقیه خراسانی،علی بمان و محمد زارچی فرا گرفت و در سال ۱۳۴۸ شمسی برای ادامه تحصیل راهی اصفهان شد و در مدرسه چهار باغ این شهر سکنی گزید اما پس از یکسال به دلیل اوضاع نامساعد جوی و سرمای شدید به یزد بازگشت و از آنجا به قم عزیمت کرد.
وی در آنجا دروس سطح و خارج فقه و اصول را در محضر آیات عظام حاج شیخ عبدالکریم حایری یزدی موسس حوزه علمیه قم،سیدصدرالدین صدر،سیدمحمد تقی خوانساری، سید محمد حجت ، میرزا محمد همدانی،سید شهاب الدین مرعشی نجفی و سید حسین بروجردی به پایان برد و به درجه اجتهاد نائل آمد.
آيت الله صدوقی در حوزه علمیه قم همزمان با تحصیل به تدریس لمعه، رسائل و مکاسب و کفایه پرداخت وبزرگانی همچون حضرات آیات علامه محمدتقی جعفری ، شهید مرتضی مطهری ، شهید قدوسی، شهید سیدمصطفی خمینی ، محمد فاضل لنکرانی ،احمد جنتی، مهدوی کنی و محمدی گیلانی ازجمله شاگردان ایشان بودند.
این شهید والامقام در بدو ورودش به شهر مقدس قم ضمن آشنایی و برقراری روابط صمیمانه با امام خمینی (ره ) مورد عنایت ویژه آیت الله العظمی حایری یزدی قرار گرفت و انجام برخی امور حوزه از جمله مسائل مالی به وی واگذار شد و این امر پس از رحلت آیت الله حایری و در زمان آیات عظام سیدمحمد تقی خوانساری، سید صدرالدین صدر و سید محمد حجت نیز ادامه یافت.
چندی بعد وی همراه با برخی از بزرگان به تهران رفت و با دعوت از آیت الله العظمی بروجردی برای اقامت در قم و سرپرستی حوزه به اتفاق ایشان به قم عزیمت کرد و وی در این زمان علاوه بر مسئولیت های گذشته، تولیت مدارس را نیز پذیرفت.
شهید صدوقی سرانجام پس از ۲۱ سال اقامت در قم به دعوت بزرگان و مردم یزد و به دستور آیت الله العظمی بروجردی و توصیه امام خمینی (ره ) به این شهر عزیمت کرد و در روز جمعه سوم بهمن ماه سال ۱۳۳۰ شمسی (۱۳۷۱ قمری ) در میان استقبال گرم و پرشور مردم وارد یزد شد و به کار تدریس، بازسازی مدارس علمیه ، برگزاری مجالس وعظ و خطابه، ترویج دین، حل مشکلات مردم و اقامه جماعت همت گمارد و زعامت دینی و مرجعیت امور شرعی را بر عهده گرفت.
آیت الله صدوقی در دوران ستمشاهی از پیشگامان مبارزه با آن رژیم بود و همواره با امام خمینی (ره ) در زمینه مسائل نهضت ارتباطی تنگاتنگ داشت، فعالیت سیاسی و مبارزات آن بزرگوار با رژیم از سال ۱۳۴۱ شمسی با ارسال تلگرافی به شاه و مخالفت با تصویب انجمن های ایالتی و ولایتی وارد مرحله جدیدی شد و تا پیروزی انقلاب اسلامی ادامه یافت.
او بویژه رهبری حرکت های انقلابی مردم مومن یزد و بخش دیگری از مناطق کشور را دردست داشت و اطلاعیه ها و سخنرانی های روشنگرانه اش در مسجد روضه محمدیه (حظیره )یزد سبب افزایش آگاهی سیاسی مردم و حضور جدی آنان در صحنه های مبارزه می شد.
همچنین ارتباط او با گروه فدائیان اسلام و پشتیبانی از آنها ، سرکشی و دیدار از روحانیون تبعیدی در مناطق مختلف،حمایت از امام خمینی (ره )در حادثه ۱۵ خرداد سال ۱۳۴۲ و مهاجرت به تهران در اعتراض به دستگیری امام ، تشکیل جلسات بزرگداشت شهدای طلاب در حادثه ۱۹ دی قم ، اعتراض به کشتار ۲۹ بهمن مردم تبریز و اعلام عزا و برگزاری مراسم چهلم شهدای تبریز در یزد که به شهادت عده‌ای از مردم و پیدایش حادثه دهم فروردین یزد منجر شد، شمه‌ای از فعالیت های مبارزاتی آن شهید والامقام محسوب می شود.
مضاف بر این، صدور اعلامیه ای در اعتراض به آتش سوزی سینما رکس آبادان و تصریح بر انجام این اقدام از سوی عمال رژیم پهلوی ، اعتراض به کشتار ۱۷ شهریور تهران و برپایی چند مجلس ترحیم به مناسبت شهادت سید مصطفی خمینی گوشه دیگری از فعالیت های سیاسی او در فاصله سالهای ۱۳۴۱ تا ۱۳۵۷ است.
آیت الله صدوقی پس از پیروزی انقلاب اسلامی از سوی امام خمینی (ره )به امامت جمعه یزد منصوب شد و همچنین به نمایندگی از سوی مردم یزد به مجلس خبرگان تدوین قانون اساسی راه یافت و با شروع جنگ تحمیلی در جبهه‌ها حضوری فعال داشت و در موارد مختلف به یاری رزمندگان می شتافت و موجب تقویت روحیه و ایمان آنان می شد.
وی در انجام امور خیریه و خدمات اجتماعی نیز پیشتاز بود و آثار ارزنده ای در یزد و برخی از مناطق کشور از خویش به یادگار گذاشت که از جمله می توان به تعمیر و احداث ۱۸ مسجد از جمله مسجد روضه محمدیه و ملااسماعیل، احداث و مرمت ۱۹ مدرسه علمیه در استان یزد و شهرهای شیراز و مشهد، تاسیس حوزه علمیه خواهران مکتب الزهرا (س )در یزد، تاسیس چندین بیمارستان ، درمانگاه ، سازمان خیریه و صندوق قرض الحسنه اشاره کرد.
آیت الله صدوقی عالمی برجسته و مجاهدی شجاع ، خستگی ناپذیر و مطیع ولایت بود و دیانت، قاطعیت، بلندهمتی، پرهیزکاری، اخلاق نیکو، تواضع و فروتنی، متانت و مردمداری از ویژگی های بارز اخلاقی آن شهید عزیز به شمار می‌رفت.
او همواره بر شب زنده داری و قرائت قرآن عشق می ورزید و به اهل بیت (ع) ارادتی خاص داشت و از دور اندیشی و روشن بینی سیاسی بالایی برخوردار بود و از اولین افرادی به شمار می رفت که با تیز بینی،خطرمنافقین را دریافت و به مبارزه و روشنگری بر ضد آنان پرداخت.
این شهید گرانقدر به همین دلایل بارها ازسوی منافقین مورد سوء قصد قرار گرفت و سرانجام در روز جمعه دهم رمضان ۱۴۰۲ قمری برابر با یازدهم تیرماه سال ۱۳۶۱ شمسی پس از ادای نماز جمعه در مسجد ملا اسماعیل این شهر هدف حمله ناجوانمردانه منافقان کوردل قرار گرفت و پس ازآیت الله مدنی و آیت الله دستغیب، سومین امام جمعه ای بود که خط سرخ شهادت را به طول قامت ایمان خود امتداد بخشید.
پیکر مطهر این شهید والامقام پس از اقامه نماز و تشییع بی نظیر از سوی مردم مومن دیار دارالعباده (یزد)در مسجد روضه محمدیه این شهر به خاک سپرده شد و حضرت امام در پیامی به مناسبت شهادت وی فرمودند:اینجانب دوستی عزیز که بیش از ۳۰ سال با او آشنا و روحیات عظیمش رااز نزدیک درک کرده ام و اسلام، خدمتگزاری متعهد و ایران فقیهی فداکار و استان یزد سرپرستی دانشمند را از دست داد.